31 июля 1944 года за рулем южноамериканского самолета Lightning P-38 он был должен создавать аэрофотосьемку тех районов в Савойе, через которые предстояло продвигаться войскам антифашистской коалиции опосля их посадки на средиземноморском побережье. Самолет пропал. Много десятилетий не было понятно даже примерное место его падения. Оно было случаем найдено в 1998 году близ Марселя, когда сети рыбака извлекли со дна моря браслет-цепочку, на которой были выбиты имена Сент-Экзюпери и его супруги Консуэло.
Два года спустя самолет с его номерными знаками нашли близ острова Риу водолазы. Позднее присутствие 31 июля 1944 года в этом районе самолета Lightning подтвердил и доживший до глубочайшей старости германский пилот, возвращавшийся в тот день на базу и видевший машинку несколькими километрами выше собственной.
Отправляясь в крайний полет, Сент-Экзюпери произнес: «Если меня собьют, я ни о чем из собственной жизни не буду сожалеть». Обломки его самолета, как подтвердили специалисты, были найдены в районе, где он вообщем не был должен появляться, так как боевое задание касалось совершенно иной части Франции. Предпосылки этого не понятны. Или Сент-Экзюпери облетал зону непогоды, или натолкнулся по направлению к Савойе на мощный огонь зениток и решил заместо этого сфотографировать германские укрепления побережья. И по этот день длятся споры: или он был сбит, или 44-летний летчик и писатель, издавна страдавший от депрессии и различных жизненных и любовных разочарований, покончил с собой.
Приверженцев и той, и иной версии много. «Я не верю в то, что это суицид, - считает племянник писателя Франсуа д»Аге. - Антуан постоянно говорил нам: я пойду по этому пути до конца - или доживу до окончания войны, или погибну».
Обломки самолета переданы на хранение в находящийся близ Парижа, в Бурже, Музей авиации.